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选用原则是:不能使用含有对植物、畜禽、养殖人员和栽培人员有害的菌剂,也不宜食用对人畜禽类的条件致病菌。总之,只能使用病原菌。在非病原菌中少使用厌氧类,厌氧环境往往与腐生相联系并导致烂根。厌氧发酵的沼气池产生的沼渣和沼液中大多病原菌已被杀灭有机肥发酵剂,而沼渣沼液中的微生物是严格厌氧的,施于农田,遇到氧气就会死亡。另外,与病原菌亲缘关系很近的菌宜少用。其次,应注意在一个混合菌剂中,避免相互有拮抗效应的菌群的同时使用。

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各种农用微生物菌剂有不同的要求,在此仅对微生物肥料菌剂的农业应用作一点说明。微生物肥料菌剂要求生态适应性强的菌剂,在恶劣环境中生存力强,繁殖力旺,还能使植物生长功能和抑制病原菌功能。例如枯草芽孢杆菌常常被选为主体菌株秸秆还田地块宜选纤维素酶和木质素酶活力高的菌株。

微生物菌剂的选用原则还需结合土壤环境、气候变化、作物品种、植被、秸秆抗性以及耕作方式。

结合土种特征,了解当地土壤的实际情况。主要观察土壤持水保肥能力,有机质含量,酸碱性,如能测定土壤 N、P、K 含量,则更有针对性。

贫瘠的土壤应同时使用有机肥和微生物菌剂,特别是沙化或板结的土壤。这类土壤在有机肥供应足量的情况下有机肥发酵剂,使用质量保证的任何一种微生物制剂都有良好的效果。

盐碱土上使用微生物菌剂同样要与大量的有机物如秸秆同时施用,以耐盐碱能力强的芽孢杆菌菌剂为好。

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有机质含量高的如长期不见阳光的大棚,应加大微生物菌剂的用量,可视情况(如上茬留有大量根茎叶已翻入土中)不必配施有机肥。大量使用抗性的微生物菌剂如芽孢杆菌、放线菌还可抑制土传病害。

不使用化肥的林木、牧草生产地区,使用根瘤菌剂效果显著。

大量秸秆一次性原位还田的,除了同时配施少量氮肥调节碳差比外,应选用纤维素降解能力强的微生物菌剂。如含真与芽孢杆菌的复合菌剂,加速上茬根茎叶分解。

高纬度的低温地区应在收割后抓紧施用耐低温的秸秆腐熟菌开春后可随春播一同施降解纤维素、促生长的芽孢类微生物制剂,对于土壤沙化严重的并以秸秆原位还田的地区很重要。

春季阴雨连绵,光照不足的南方多雨地区,结合腐熟有机肥使用功能的复合菌剂,可以减少因光照不足引起的缺碳性黄化。

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保花保果类作物应配施含有荚膜多糖,并能合成植物激素的胶质类芽孢杆菌类微生物制剂。

微生物菌剂的使用注意土壤水分的供应和温度的保持,即使应用低温菌种,在土壤温度低于10℃时,也难有显著效果。

使用功能菌种是一种有力的选择,如有些硅酸盐菌剂既有固氮功能,又可溶磷解钾,还能合成有益的植物激素。

南方红黄壤缺可溶性磷钾,就可以选用溶磷和解钾保钾效果好的磷菌、胶质类芽孢杆菌。北方盐碱土多,就可选枯草芽孢杆菌类的菌剂。牧草种植区很少施肥,就可以施用固氮能力强的根瘤菌剂,效果不错。在长期使用化肥,造成土壤板结或沙化的地区,宜同时使用有机肥,使得施人田中的菌肥有充足的能量,用于增殖和代谢。增强微生物改土功能的地区,不适合用无机石粉作为载体的微生物肥料。

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