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还记得USPPROTEIN DETERMINATION PROCEDURES中的消光系数计算的内容吗?
其中给出了利用蛋白质中Trp Tyr和Cys个数计算蛋白质的消光系数的公式。最近有人反映怎样能快速的得到某个蛋白的氨基酸组成呢?前提当然是我们要知道蛋白的氨基酸序列,然后会有很多专业软件帮助我们计算氨基酸组成情况。但是如果我们手头没有专业软件怎么办?这里给大家介绍一个很巧妙的方法——用Excel计算蛋白质氨基酸组成。
其实原理很简单,如果你能计算某个字符串中某个字母出现的次数,这个问题就迎刃而解了。可惜目前Excel没有这样的函数可用。所以我们就曲线救国excel字符串替换,用其他函数(LEN和SUBSTITUTE)解决这个问题。LEN很简单,就是计算某个单元格字符串的长度(字符的个数),SUBSTITUTE 函数是用某个字符串替换另一个字符串。这里巧妙的利用了这两个函数解决了如何“计算字符串中某个字符出现次数”的问题。
具体公式为LEN(D2)-LEN(SUBSTITUTE(D2;”C”;””))
首先用函数SUBSTITUTE(D2;”C”;””)将要计算的字符(比如C)替换成空白,相当于把所有的字母C删除。其次用LEN(SUBSTITUTE(D2;”C”;””))计算去掉字母C后字符串的长度。然后用LEN(D2)-LEN(SUBSTITUTE(D2;”C”;””))计算原来字符串长度减去去除字母C后字符串长度,结果就是该字符串中字母C出现的次数。
很巧妙吧!
下图是个计算单抗类抗体消光系数的例子,你只需要将重链和轻链氨基酸序列填入E2和E3,D11输入蛋白质分子量,D13会按照方法IA自动计算出消光系数。
由于不知道如何上传Excel文件,所以只能用文字描述。
E7公式为=LEN($E$2)-LEN(SUBSTITUTE($E$2;D7;””))
E8公式为=LEN($E$2)-LEN(SUBSTITUTE($E$2;D8;””))
E9公式为=LEN($E$2)-LEN(SUBSTITUTE($E$2;D9;””))
F7公式为=LEN($E$3)-LEN(SUBSTITUTE($E$3;D7;””))
F8公式为=LEN($E$3)-LEN(SUBSTITUTE($E$3;D8;””))
F9公式为=LEN($E$3)-LEN(SUBSTITUTE($E$3;D9;””))
C12公式为=(G7*5690+G8*1280+G9*120)
C13公式为=D12/D11
注意因为我用的是苹果系统,所以函数中都用“;”间隔,如果你是windows系统 应该替换成“,”!!!
转眼半年过去了,一直没有发新内容,主要是个人精力有限,但愿能一直坚持做下去!!!
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