太仓历史久远。战国时，楚春申君曾在此设立粮仓，故而得名“太仓”。
南宋理宗淳祐年间（1241—1251年），太仓城及其周边为昆山县惠安乡。
元仁宗延祐元年（1314年），昆山州移治太仓城。惠宗至正十七年（1357年），昆山州迁回马鞍山（今玉山）旧治。
朱元璋吴元年（1367年），在太仓城设立了太仓卫。洪武十二年，又在浏河镇增添了镇海卫。
浏河镇，元时叫刘家港，为漕粮北运出海港口。明置巡检司，复设镇海卫于天妃宫，俗称天妃镇。成祖永乐元年（1403年）对外开港，诸国商船云集，俗称“六国码头”。郑和先后七次，带领大明船队，从刘家港起锚，泛海通使西洋。
孝宗弘治十年（1497年），划昆山县（洪武二年，即1369年降昆山州为县）之新安、惠安、湖川3乡；常熟县之双凤乡；嘉定县之乐智、循义两乡建立太仓州，隶苏州府。
清代诸家轩在所著的《坚瓠集》中载有“吴评”一则：“吾苏辖一州七县，旧时评语曰：‘金太仓、银嘉定、铜常熟、铁崇明、豆腐吴江、叫化昆山、纸长洲、空心吴县’。言金银富厚，铜臭，铁刚，豆腐淡，叫化龌龊，纸薄太仓政府网，空心虚伪也。”经考，上述说法，系指官缺的肥瘠，就是说在太仓做官收入最厚，银低一等，铜铁再低一等，豆腐味淡，只够开销，叫化是穷，要贴开销，纸是薄，空心是空欢喜。
清世宗雍正二年（1724年），升太仓州为直隶州，并析州南境置镇洋县。城内大致以致和塘为界，塘南为镇洋县境，塘北为州本辖地。州县同城而治。镇洋县衙设于塘北州本辖地飞云桥，而州儒学署设于塘南县境（今孔庙所在地），两者作为互易地。
辛亥革命后，太仓州与镇洋县奉令合并。初称“太镇”，继称“太仓州”。至中华民国元年（1912年）1月，由江苏都督府颁发印信，始定名为太仓县。
民国二十六年（1937年）11月14日，日军侵占了太仓。郑凤石为县长的太仓县政府流亡于冯家桥、老闸一带。
民国二十八年（1939年）1月，罗启祥继任为太仓县长。太仓县改隶江南行署第二专区。民国三十四年（1945年）8月太仓政府网，日本投降，太仓县流亡政府返城接收。
民国三十年（1941年）2月，在鹿河乡唐家宅成立了太仓县抗日民主政府，郭曦晨任县长。隶属于苏南第一专区。下辖3个行政区。
1949年5月13日，太仓解放，建立太仓县人民政府，隶属于苏南行署苏州专区。
1993年3月28日，经国务院批准，撤销太仓县，改设县级太仓市，仍属苏州市。
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